Vedci práve oznámili objav nového, neuveriteľného bežný vírus, ktorý žije vnútri človeka črevné baktérie. Dostal meno „crAssphage“ a takmer šesť krát častejšie ako všetky ostatné bakteriálne vírusy dať dohromady. Ale ako sa nám ho toľko nepodarilo všimnúť čas?
fotografie z otvorených zdrojov
Dôvod, prečo sme predtým crAssphage nenašli, je ten, že že sme nevedeli, že ho musíme hľadať. To je to, čo to je prostriedky.
Zatiaľ čo nové technológie sekvencovania sa stávajú stále viac rýchle a lacné, stále majú jednu slabinu: majú dobré na objavovanie vecí, ktoré už vieme ale nie sú vhodné na hľadanie nových organizmov. keď vedci študujú organickú vzorku, dostávajú polievku S tým súvisia fragmenty DNA všetkých živých vecí vzorka – baktérie, vírusy a samotná osoba. Potom tieto fragmenty musia byť zostavené v poradí, ktoré môžeme identifikovať. Ak nájdeme reťazec špecifický pre genóm niektoré baktérie – to znamená, že sme našli túto baktériu vo vzorke.
Problém je, že ak to ešte nevieme sekvencie vírusu nám neznáme – nemôžeme pomocou tejto techniky. Ale v skutočnosti je autorom nového Výskum crAssphage Bas Datil uvádza, že je takmer neznámy 75 percent DNA sekvencií vo vzorkách, ktoré študovali.
Tím Datila bol schopný nájsť nový vírus pomocou úplne iného prístup založený na jednoduchej myšlienke: fragmenty, ktoré čas od času sa nachádzajú v tej istej vzorke s vysokou pravdepodobnosťou sú súčasťou jedného genómu. Túto techniku používali tak tzv. krížové zhromaždenie na identifikáciu jednej takejto skupiny opakujúce sa sekvencie vo vzorkách odobratých od 12 osôb. Potom zhromaždili tieto sekvencie do jedného genómu.
A dostali presne to: vírus crAssphage, pomenovaný po ňom technika krížového spájania, ktorá viedla k jeho objav. Zistili, že crAssphage žije vo vnútri Bacteroides – spoločná skupina baktérií, ktoré žijú v našich črevách.
V dôsledku prieskumu našiel tím crAssphage na 75% črevné sekvencie ľudí v USA, Európe a Južnej Kórei. My sme pokiaľ nevieme, čo presne tieto fágy robia v našich črevách, ale oni určite hrajú rolu v našom črevnom mikrobiáli ekosystém.
A nakoniec zaujímavý fakt: vedci to spočítali v našom telo je asi 100-krát viac vírusových častíc ako v skutočnosti ľudské bunky. Takže stále máme veľa práce. zistiť, čo skutočne sme.
Vírusy DNA
