Vedci objavili v genetickom kóde koronavírusu SARS-CoV-2 záhadný gén, ktorý je v genóme vírusu takmer neviditeľný a stále prehliadaný.
Nedávno identifikovaný gén – ORF3d – je príkladom toho, čo sa nazýva prekrývajúci sa gén: druh „génu v géne“, ktorý sa účinne skrýva v reťazci nukleotidov vďaka skutočnosti, že prekrýva kódované sekvencie iných génov.
„Z hľadiska veľkosti genómu patria SARS-CoV-2 a jeho príbuzní medzi najdlhšie existujúce RNA vírusy,“ vysvetľuje bioinformatik Chase Nelson z amerického prírodovedného múzea.
„Preto sú náchylnejšie na„ genómové podvádzanie “ako iné RNA vírusy.“
Vírusy sú v skutočnosti veľmi náchylné na prekrývanie génov, takže to nie je práve prekvapivý objav. Uvidí sa, či je ORF3d skutočne genomický podvod, ale aj tak je určite ťažké ho vidieť.
Prekrývajúce sa gény je ťažké identifikovať v genetických sekvenciách, pretože genómové skenovacie systémy ich môžu pri skenovaní riadkov genetického kódu často preskočiť: sú naprogramované tak, aby vyberali jednotlivé gény, ale nemusia nevyhnutne vidieť spoločné pokyny spoločné pre nukleotidy susedných génov v sekvencii.
Elektrónová mikrofotografia častíc vírusu SARS-CoV-2. (NIAID).
V súvislosti s vírusmi, ako je SARS-CoV-2, to môže spôsobiť vážne slepé miesto. Vedci sa od začiatku tohto roka usilujú čo najviac porozumieť tomuto ničivému vírusu, a hoci boli objasnené niektoré aspekty jeho genetickej štruktúry (vrátane pevného presvedčenia, že nebol „vytvorený v laboratóriu“), je toho ešte veľa, len zatiaľ nevieme. .
„Prekrývajúce sa gény môžu byť jedným z arzenálov spôsobov, ako sa vyvinuli koronavírusy, aby sa efektívne replikovali, narúšali imunitu hostiteľa alebo sa prenášali.“
Pokiaľ ide o ORF3d, je tu ešte toho veľa, čo sa treba dozvedieť o tom, prečo existuje, skrýva sa v genóme a prekrýva iné gény.
Jedna vec, ktorú o tajomnom géne vieme na základe predchádzajúcich krvných testov pacientov s COVID-19 s istotou, je to, že ORF3d spúšťa silnú protilátkovú odpoveď.
“Zatiaľ nepoznáme jeho funkciu a klinický význam,” hovorí Nelson.
“Ale predpokladáme, že je relatívne nepravdepodobné, že tento gén bude detekovaný reakciou T buniek, na rozdiel od odpovede protilátky.” A možno to má niečo spoločné s tým, ako gén mohol vzniknúť. ““
Jedna vec je istá. Pre vírus, ktorý má iba asi 15 známych génov, je významným pokrokom objavenie ešte jedného, nehovoriac o prekrývajúcom sa géne. Aké dôležité je, že sa to teraz vedci pokúsia zistiť.
Výsledky sú hlásené eLife.
